เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ที่ขั้นตอนการร่างรัฐธรรมนูญ เปิดโอกาสให้ประชาชนเข้าไปมีส่วนร่วม รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย ฉบับชั่วคราว พุทธศักราช 2549 เป็นรัฐธรรมนูญที่ยังคงรักษาไว้ซึ่งระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข โดยมาตรา 1 ระบุว่าประเทศไทยเป็นราชอาณาจักรอันหนึ่งเดียวจะแบ่งแยกมิได้ โดยมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุขและทรงดำรงตำแหน่งจอมทัพไทย และกำหนดให้อำนาจอธิปไตยเป็นของปวงชนชาวไทย ที่สำคัญในมาตรา 3 ได้คุ้มครองศักดิ์ศรีความเป็นมนุษย์ สิทธิ เสรีภาพ และความเสมอภาคของประชาชนตามประเพณีการปกครอง ซึ่งไม่เคยมีในธรรมนูญการปกครองที่ออกโดยคณะปฏิวัติ และไม่ได้ให้สิทธิ์เด็ดขาดแก่คณะปฏิวัติเหมือนในอดีต องค์กรที่มีบทบาทตามรัฐธรรมนูญฉบับชั่วคราว ได้กำหนดให้มีสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ทำหน้าที่แทนสภาผู้แทนราษฏร วุฒิสภาและรัฐสภา ซึ่งพระมหากษัตริย์ทรงแต่งตั้ง จำนวนไม่เกิน 250 คน มาจากภาคต่างๆ มีหน้าที่เสนอและพิจารณาร่างพระราชบัญญัติ ตั้งกระทู้ถามคณะรัฐมนตรี หรือขอเปิดอภิปรายซักถามข้อเท็จจริงได้ แต่ไม่สามารถลงมติไว้วางใจหรือไม่ไว้วางใจได้ ส่วนที่มาของนายกรัฐมนตรีให้ พระมหากษัตริย์ทรง แต่งตั้งนายกรัฐมนตรีคนหนึ่งและรัฐมนตรีอื่นอีกจำนวนไม่เกิน 35 คนตามที่นายกรัฐมนตรีแนะนำ ทำหน้าที่บริหารราชการแผ่นดิน ส่วนคณะปฏิรูปการปกครองฯ จะเปลี่ยนบทบาทเป็นคณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติ สามารถแต่งตั้งได้ อีกไม่เกิน 15 คน มีหน้าที่ในการรักษาความสงบเรียบร้อยและความมั่นคงแห่งชาติ ซึ่งสามารถประชุมร่วมกับคณะรัฐมนตรีได้ในกรณีที่เห็นสมควร หรือให้คำปรึกษาหารือเป็นครั้งคราว และมีบทบาทเกี่ยวข้องกับกระบวนการร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ในขั้นตอนการเลือกสมาชิกสภาร่างรัฐธรรมนูญ และบทบาทของคณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติ จะสิ้นสุดเมื่อมีรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ ส่วนการยึดและควบคุมอำนาจเมื่อวันที่ 19 กันยายน รวมทั้งการกระทำหลังจากนั้น ของหัวหน้าคณะปฏิรูปการปกครองฯ หรือผู้ได้รับมอบหมาย จะได้รับการนิรโทษกรรมทั้งหมด องค์กรที่จะมาทำหน้าที่ร่างรัฐธรรมนูญ มีการจัดตั้งสมาชิกสภาร่างรัฐรรมนูญที่มาจากสมาชิกสมัชชาแห่งชาติ 2,000 คน ทำหน้าที่เลือกสมาชิกกันเองให้เหลือ 200 คน แล้วให้คณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติคัดเลือกให้เหลือ 100 คน ส่วนกระบวนการร่างรัฐธรรมนูญนั้นกำหนดให้สภาร่างฯ แต่งตั้งกรรมาธิการยกร่างรัฐธรรมนูญ จำนวน 35 คน มาจากผู้ทรงคุณวุฒิที่เลือกโดยสภาร่างรัฐธรรมนูญ 25 คน และเลือกจากคำแนะนำของประธานคณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติ 10 คน โดยห้ามกรรมาธิการยกร่างลงสมัครส.ส.และส.ว. 2 ปี เพื่อป้องกันส่วนได้ส่วนเสียทางการเมือง เมื่อกรรมาธิการยกร่างรัฐธรรมนูญจัดทำร่างฯ เสร็จแล้วให้จัดทำคำชี้แจง และ เปรียบเทียบความแตกต่างกับรัฐธรรมนูญฉบับปี 2540 และให้ขอความเห็นจากองค์กรต่างๆ ก่อนเข้าสู่ขั้นแปรญัตติ ซึ่งขั้นตอนทั้งหมดจะใช้เวลาไม่เกิน 180 วัน หรือ 6 เดือน จากนั้นให้นำร่างรัฐธรรมนูญ เผยแพร่ให้ประชาชนรับทราบและออกเสียงประชามติว่าจะให้ความเห็นชอบหรือไม่ ไม่เร็วกว่า 15 วันหรือไม่ช้ากว่า 30 วัน ซึ่งถือเป็นครั้งแรกที่ให้ประชาชนลงมติรับรองร่างรัฐธรรมนูญ แต่หากประชาชนผู้มีสิทธิ์เลือกตั้งเสียงข้างมากไม่เห็นชอบร่างรัฐธรรมนูญ ให้คณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติประชุมร่วมกับคณะรัฐมนตรีพิจารณานำรัฐธรรมนูญเดิม มาปรับปรุง นอกจากนี้รัฐธรรมนูญฉบับชั่วคราวยังกำหนดให้มีคณะตุลาการรัฐธรรมนูญ จำนวน 7 คน ที่มาจากที่ประชุมใหญ่ศาลฏีกา 5 คน และที่ประชุมใหญ่ศาลปกครองสูงสุด 2 คน ทำหน้าที่พิจารณาคดีที่อยู่ในอำนาจของศาลรัฐธรรมนูญเดิม เช่น คดียุบพรรคการเมือง